在人類(lèi)歷史發(fā)展過(guò)程中，當手工業(yè)作坊發(fā)展到一定的規模時(shí)，一個(gè)企業(yè)內需要設置對人、財、物和產(chǎn)、供、銷(xiāo)管理的職能部門(mén)，這樣就產(chǎn)生了初級的職能組織結構。

因此，職能組織結構是一種傳統的組織結構模式。在職能組織結構中，每一個(gè)職能部門(mén)可根據它的管理職能對其直接和非直接的下屬工作部門(mén)下達工作指令，因此，每一個(gè)工作部門(mén)可能得到其直接和非直接的上級工作部門(mén)下達的工作指令，它就會(huì )有多個(gè)矛盾的指令源。一個(gè)工作部門(mén)的多個(gè)矛盾的指令源會(huì )影響企業(yè)管理機制的運行。

在一般的工業(yè)企業(yè)中，設有人、財、物和產(chǎn)、供、銷(xiāo)管理的職能部門(mén)，另有生產(chǎn)車(chē)間和后勤保障機構等。雖然生產(chǎn)車(chē)間和后勤保障機構并不一定是職能部門(mén)的直接下屬部門(mén)，但是，職能管理部門(mén)可以在其管理的職能范圍內對生產(chǎn)車(chē)間和后勤保障機構下達工作指令，這是典型的職能組織結構。

在高等院校中，設有人事、財務(wù)、教學(xué)、科研和基本建設等管理的職能部門(mén)（處室），另有學(xué)院、系和研究中心等教學(xué)和科研的機構，其組織結構模式也是職能組織結構，人事處和教務(wù)處等都可對學(xué)院和系下達其分管范圍內的工作指令。我國多數的企業(yè)、學(xué)校、事業(yè)單位目前還沿用這種傳統的組織結構模式。

許多建設項目也還用這種傳統的組織結構模式，在工作中常出現交叉和矛盾的工作指令關(guān)系，嚴重影響了項目管理機制的運行和項目目標的實(shí)現。