隨著(zhù)新農村建設的完善，弊端日益明顯地暴露出來(lái)，已經(jīng)不適應新農村建設的要求，必須進(jìn)行改革，通過(guò)改革促進(jìn)發(fā)展。其具體措施如下：

　　1.加強創(chuàng )新發(fā)展

　　1.1保證水資源的有效配置和可持續利用原則。我國水資源貧乏，實(shí)現水資源的優(yōu)化配置，提高水資源利用效率是社會(huì )經(jīng)濟長(cháng)期健康發(fā)展的基本條件。所以，我國農村小型水利工程管理體制必須保證水資源的有效配置和可持續利用。

　　1.2社會(huì )效益與經(jīng)濟效益兼顧原則我國農村小型水利工程是國民經(jīng)濟和社會(huì )發(fā)展的重要基礎，其管理體制必須保證公益性水利工程兼顧社會(huì )效益與經(jīng)濟效益。其管理體制一方面要追求工程社會(huì )效益的實(shí)現，保障社會(huì )、經(jīng)濟發(fā)展對防洪保障、水資源供給的需求，另一方面，又必須著(zhù)眼于工程管理單位本身的良性運行和可持續發(fā)展，在盈利性與公益性之間尋求平衡點(diǎn)。

　　1.3實(shí)現責任管理發(fā)展

　　新時(shí)期農村積極實(shí)行小型水田水利工程的責任管理發(fā)展制度，保證各類(lèi)水利工程的有效發(fā)展與管理，實(shí)現責任化管理細則，確保監督檢查水利工程的管理可以維持農村水利運用的安全運行與有效管理，確保水利工程的正常監督，實(shí)現行政部門(mén)的政企分離經(jīng)營(yíng)，而且要確保水利行政部門(mén)的職能，要實(shí)現責任管理發(fā)展能力，提高運行和維護的能力，保證工程安全和發(fā)揮經(jīng)濟效益。投資運行與企業(yè)管理的水利工程要防止出現安全事故，一旦出現事故要依法追究相關(guān)部門(mén)和水利管理單位以及當地政府的責任。

　　2.耗費收費與耗費補償制度

　　政府投資主要用于關(guān)系國家安全和市場(chǎng)不能有效配置資源的經(jīng)濟和社會(huì )領(lǐng)域，包括加強公益性和公共基礎設施建設，保護和改善生態(tài)環(huán)境，促進(jìn)欠發(fā)達地區的經(jīng)濟和社會(huì )發(fā)展，推進(jìn)科技進(jìn)步和高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)化。從農村小型水利工程的作用、功能看，是典型的純公共服務(wù)產(chǎn)品，水利工程的管理、運行費用補償完全應該由政府予以支付，政府應該建立水利工程耗費補償制度，保障純水利工程安全運行。

　　3.積極推行管養分離

　　在對農村小型水利工程科學(xué)定崗和核定管理人員編制基礎上，將水利工程維修養護業(yè)務(wù)和養護人員從投資運行主體中剝離出來(lái)，獨立或聯(lián)合組建專(zhuān)業(yè)化的養護企業(yè)，以后逐漸通過(guò)招標方式擇優(yōu)確定維修養護企業(yè)各級政府和水行政主管部門(mén)及有關(guān)部門(mén)應當努力創(chuàng )造條件，培育維修養護市場(chǎng)主體，規范維修養護市場(chǎng)環(huán)境。

　　4.全面加強在建農村水利工程建設的監管力度

　　在農村水利工程的建設施工過(guò)程中，工作人員需要制定合理的規劃方案，在施工中，要嚴格按照設計方案進(jìn)行操作，同時(shí)，還要有一套完善的管理制度與監管體系。這樣才能夠最大限度保障施工質(zhì)量，促進(jìn)農業(yè)經(jīng)濟的發(fā)揮。

　　4.1管理機制的建立。在農村小型水利工程的建設過(guò)程中，建立科學(xué)完善的管理體制，是非常重要的。它能夠保障工程的順利進(jìn)行與合理施工，也能夠是工程質(zhì)量得到最大限度的保障，并且，還能夠提高施工速度，規范施工行為，使其能夠合理有序進(jìn)行。

　　4.2嚴格設計資質(zhì)證制度和工程招投標制度。要依據審批工程的規模，建立健全資質(zhì)認證制度，確保聘請具有一定設計資質(zhì)的、從事相應水利工程的設計單位設計，嚴禁無(wú)資質(zhì)的單位和個(gè)人通過(guò)不正當渠道獲取從事水利工程設計的權力，設計圖紙必須加蓋資質(zhì)證章方能使用。

　　5.全面加強現有水利工程的使用管理和維護

　　5.1安全管理，安全管理的首要條件是加強《水法》宣傳，在防止水利工程受到洪水等自然災害侵襲的同時(shí)，也要防止少部分惟利是圖者人為破壞。其次是工程建設沒(méi)有主次之分，每個(gè)環(huán)節都很重要，特別是工程配套設施的建設質(zhì)量一定要保證，如小型水庫的泄洪口等。

　　5.2內業(yè)資料管理，關(guān)于工程管理的標準、規定、法律等資料必須齊全；設計圖紙及文件、施工記錄、檢測結果、竣工驗收報告等應立項建檔；工程建設中出現的問(wèn)題及解決的結果以及工程管理的各項檢查記錄資料也應當妥善保存。