由于不可能對河流所有的生物群落成分進(jìn)行監測取樣，變通的辦法是選擇幾種標志性物種。標志物種有幾種類(lèi)型：

　�。�1）關(guān)鍵物種（keystonespecies）。指物種在生態(tài)系統中所居的地位不同，一些珍稀、體型較大的特有物種在維護生物多樣性和生態(tài)系統穩定性方面起著(zhù)重要作用，它們的消失或削弱可能要使整個(gè)生態(tài)系統發(fā)生根本的變化。

　�。�2）保護物種（protectedspecies）。指由于稀缺性、文化或歷史的重要性，或者其棲息地受到威脅而受到法律保護的物種。

　�。�3）保護傘物種（umbrellaspecies）。保護這種物種及其棲息地可使大量也依賴(lài)于同樣棲息地的其他物種同樣受到保護。

　�。�4）旗艦物種（flagshipspecies）。指社會(huì )公眾普遍接受的標志性生物。它們往往以獨特的體型使之成為具有魅力的動(dòng)物，對它的保護會(huì )使與之共生的物種受到保護。

　　具體標志性物種往往在藻類(lèi)、大型無(wú)脊椎動(dòng)物和魚(yú)類(lèi)中選擇。

　　一般情況下，岸邊植物不適宜作為標志性物種，原因是不少植物對于水體污染并不敏感。