目前，較為常見(jiàn)的代建管理模式有兩種：一種是全程代建模式。建設項目獲得初步設計即概算批復到項目竣工驗收合格之后，也可在合同中設定為項目保質(zhì)期滿(mǎn)之時(shí)。另一種模式是兩段式代建即項目前期代建和后期代建兩個(gè)階段。項目前期代建是編制項目建議書(shū)開(kāi)始至項目施工總包、監理通過(guò)招標方式確定為止；項目后期代建一般從領(lǐng)取項目開(kāi)工證開(kāi)始至項目施工保質(zhì)期結束。兩段式代建適合于規模大、工期長(cháng)的項目。應根據不同的代建管理模式在常規審計基礎上關(guān)注以下審計重點(diǎn)：

　　項目代建費的審計。由于代建收費迄今為止沒(méi)有統一標準，一般地方都采取代建費加節余獎勵作為代建單位的報酬。政府應該出臺財政、審計等部門(mén)認可的代建費標準，最好由投標單位投標，評審專(zhuān)家評審。項目代建費應包括代建單位在項目前期，建設準備、實(shí)施、驗收階段發(fā)生的成本，應交的稅費（如營(yíng)業(yè)稅及附加稅、所得稅）和合理的利潤。按照財政部財建（2004）300號文件第四項“項目代建單位的代建管理費標底由同級財政部門(mén)比照基建財務(wù)制度規定的建設單位管理費標準編制”的意見(jiàn)，由于標準較低，審計的重點(diǎn)應在“節余獎勵”上，審查與合同約定是否一致。

　　變更工程的審計。一般的代建工程應在投資概算之內，由代建單位對由安全隱患以及由地質(zhì)因素制約所引發(fā)的追加投資變更進(jìn)行技術(shù)上調整，如果有權威機構的免責請示批復，則應審核追加投資的依據、批準程序以及合理變更引發(fā)的核減核增的準確性，防止越權審批、虛增投資額和工程量等人為因素的干擾。

　　賠償事項的審計。根據代建制的設計要求，代建單位未能完全履行《項目代建合同》，擅自變更擴大規模，提高標準，致使工期延長(cháng)、投資額增加或工程質(zhì)量不合格所造成的損失，一律從代建單位的銀行履約保函中補償，履約保函金額不足的應扣減項目代建費，代建費不足的由代建單位自有資金支付，該代建單位在一定時(shí)間內不得參與該地區代建單位投標。同時(shí)，也容易發(fā)生代建單位對投資方的索賠問(wèn)題。因此，對賠償事項應列為審計重點(diǎn)，避免人為干擾導致投資和賠償風(fēng)險的轉移。

　　管理和效益的審計。重點(diǎn)審查項目建議書(shū)提出的依據與實(shí)際建成后的效果是否一致，審查環(huán)境保護設施的同步性及實(shí)施的有效性，分析影響投資效益的因素。審查代建合同，是否明確使用單位或運營(yíng)單位職責，是否明確代建單位作為項目法人的權利和義務(wù)。是否明確對代建單位的約束責任，如賠償辦法、爭議解決機制、責任追究、回避和免責條款等。審查代建單位所有招標活動(dòng)的記錄，是否合法合規。審查征地拆遷等工程造價(jià)控制的有效性。審查財務(wù)支出中合同簽訂單位與付款單位是否一致，有無(wú)非法轉包分包等問(wèn)題。審查監理、設計、施工單位簽證的合法性和真實(shí)性。對有爭議的事項應運用現代化檢查測量工具，避免手工操作的誤差過(guò)大而削弱審計報告的權威性。