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小型農田水利工程運行中面臨的主要難題是工程建設問(wèn)題和運行管理問(wèn)題。工程建設存在的主要問(wèn)題為施工要求標準不高、建設模式不匹配．老化嚴重：運行管理存在的主要問(wèn)題為各個(gè)利益方面責任不確切，沒(méi)有健全的管護督查體系，并由此導致工程資金投入失調、管護費用短缺等不良后果。

1、管護人員責任劃分不明確

農村土地制度的改革之后．農村土地就變成農民分散經(jīng)營(yíng)的模式。目前，已經(jīng)存在的小型水利工程存在兩個(gè)方面的問(wèn)題，關(guān)于管理模式的問(wèn)題主要包括三點(diǎn)：第一，管理體制不清楚產(chǎn)權歸屬也不明確，因此無(wú)法劃分國家政府、農村集體、受益戶(hù)三者應該履行的職責和義務(wù)；第二，工程建設、管理、維護、使用四方面無(wú)法建立有效聯(lián)系，因此目前農村存在許多正在使用、無(wú)人維護的小型水利工程：第三，長(cháng)期以來(lái)，許多地方都有重骨干輕配套、重建輕管的觀(guān)念，因此目前農村存在許多“國家沒(méi)法管，農民管不住”的小型水利工程。關(guān)于費用管理的問(wèn)題主要包括兩點(diǎn)：第一，管護資金缺乏．工程失效時(shí)．管理者沒(méi)有能力去履行維修的責任；第二，小型水利工程管護經(jīng)費主要依靠水費。然而．目前計收水費方式多樣．有的實(shí)行政府和村民組織“指導價(jià)+自主定價(jià)”．有的地方則實(shí)行政府定價(jià)計收水費的權利和管護人員的責任的不協(xié)調．因此農民會(huì )形成“水費由政府收?。茏o則應讓政府負責”的思想。

2、管護費用沒(méi)有保障

小型水利工程供水秩序混亂、無(wú)人管理有些地方政府沒(méi)有建立和實(shí)施渠系水費模式．工程建設費用主要來(lái)源為國有水費返回量因為水費返回量的不確定因素較多．所以工程運行中的管護費用很難保障。

小型農田水利工程管護費用的保證與農民水費支出費用之間的矛盾很難協(xié)調。為減少農戶(hù)承擔與水利工程更新和維護費用相關(guān)的費用．農戶(hù)只需要支付運行費用．而小型農田水利工程水費一般不考慮折舊費但是有些大中型受益范圍外即不享受政府補貼的水利工程．因為運行費用較高，大部分超出了農戶(hù)承受能力。管護費用沒(méi)有保障的情況下，承包人面臨機井設備老化、能耗高、收益低的考驗也沒(méi)有能力更新和維護。

3、計量方式多樣．計量現狀差

小型農田水利工程用水收費不計量的現象普遍存在大部分農田水利系統沒(méi)有計量設施．雖然有些按照要求設置了與量水相關(guān)的設施．但沒(méi)有真正作為水費計收的標準一些地區則按面積收費．沒(méi)有節水激勵措施．一方面群眾很難養成節約用水的習慣．另一方面也難以實(shí)現公平收費。