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新時(shí)期，水利工程管理隨社會(huì )經(jīng)濟的發(fā)展以及水利工程的發(fā)展取得了一定的成績(jì)，但是我們也看到了管理中仍存在許多的問(wèn)題。這主要體現在以下幾個(gè)方面：

首先，水利工程管理的方式仍存在不科學(xué)的地方。在我國的水利工程管理中缺乏“全方位、全壽命”的管理理念，這體現在管理工作上便是水利工程的建設上存在一些只關(guān)注眼前利益而缺乏全面性及長(cháng)遠性的現象。受傳統政績(jì)觀(guān)的影響，在水利工程的管理中存在許多重建設而輕管理的思想和現象，許多地方政府和單位更多的是積極的爭取新的水利工程，對于已有的水利工程的挖掘不足并且存在管理上不夠重視等現象。就管理的思路以及具體的措施而言，都相對較為落后，造成了許多水資源利用效率比較低或者是水資源浪費的現象。在管理中，也存在一些只是片面的追求社會(huì )相依而忽略其應有的經(jīng)濟效益，從而使得水資源利用的整體收益較低，職工收入水平低，從而影響其工作積極性等問(wèn)題。

其次，水利工程管理人員的素質(zhì)影響了管理水平的提升。在水利管理系統中，特別是一些基層的水利工程管理單位，工作人員的整體思維受傳統管理制度的影響，仍存在許多依賴(lài)上級領(lǐng)導指示的現象，缺乏管理的主動(dòng)性和積極性，且管理的效率較低。在信息技術(shù)發(fā)展的背景下，對于工程管理提出了更多的要求，而工作人員的整體水平和素質(zhì)沒(méi)有相應的提升，從而影響了管理工作的更新和完善。對于科技的掌握不足，使其無(wú)法完成水利工程的信息化管理等，并且專(zhuān)業(yè)技術(shù)的缺乏使其不能實(shí)現對水利工程的有效監督和管理，影響整體的管理效果。

再次，在水利工程管理中，存在較多的水利設施老化現象。從我國水利工程發(fā)展的情況來(lái)看，一些大中型的水利工程或者是灌溉區域的水利設施，更多的是在上個(gè)世紀中期所建設，其建設的基本目標是滿(mǎn)足現實(shí)的需求，并且受到建設當時(shí)的理論和技術(shù)水平等的限制，工程的設計以及施工的標準相對較低，從而使得工程質(zhì)量存在一些問(wèn)題。在經(jīng)歷的幾十年的風(fēng)雨之后，這些水利工程存在較多的老化失修或者坍塌等現象，這在很大程度上造成了水利工程的安全隱患，給防洪等工作帶來(lái)了諸多的壓力。

最后，水利工程管理缺乏完善的保障體系。從管理的角度來(lái)審視水利工程管理，一些保障制度還不完善，水利工程投資以及維護經(jīng)費不到位現象較為多見(jiàn)。_般情況下，水利工程日常維護的費用多是由政府財政撥款，但是在實(shí)踐中資金的運行往往很難滿(mǎn)足水利工程運行和管理的實(shí)際需求。此外，對于水利工程管理的法律法規及相應的制度尚不健全，缺乏有效的法律和制度體系，無(wú)法滿(mǎn)足精細化管理的實(shí)際需求。