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水利工程會(huì )對陸生植物產(chǎn)生直接或間接的影響，直接影響是指建筑物直接破壞陸生動(dòng)植物的生活環(huán)境，一般多為永久性影響．間接影響主要是指土壤鹽堿化、沼澤化與氣候變化影響動(dòng)植物結構與種類(lèi)。

水利工程主要的作用對象為水體，因此對水生生物的生態(tài)系統影響更為明顯且直接。水位抬高會(huì )對水生生物產(chǎn)卵與生長(cháng)所需的生長(cháng)環(huán)境及相關(guān)的水溫條件產(chǎn)生破壞。此外，水庫侵沒(méi)區及淹沒(méi)區植被死亡與可溶鹽的增加對使氮磷含量增加，加上庫區附近草原、農田中所富含的營(yíng)養物質(zhì)隨著(zhù)雨水徑流到水庫中，有利于水體富營(yíng)養化。水利工程對魚(yú)類(lèi)資源影響巨大，不僅會(huì )對魚(yú)類(lèi)洄游的通道進(jìn)行阻隔．還會(huì )對魚(yú)類(lèi)繁殖產(chǎn)生影響，水庫消落導致魚(yú)卵于庫岸暴露而死亡。