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（1）節水灌溉技術(shù)與農業(yè)生產(chǎn)體制不相適應。目前我國農村實(shí)行聯(lián)產(chǎn)家庭責任制，人均耕地不到0．15hm2。一個(gè)滴灌噴灌工程覆蓋的區域內會(huì )包含有幾十戶(hù)住戶(hù)的承包責任地，每戶(hù)承包地的作物不太一致，所以需水要求也不同，這使得節水工程的運行費用和灌溉管理的分攤帶來(lái)阻礙。

（2）重視建設輕視管理的現象依然盛行。水利部門(mén)和地方政府在取得建設投資的時(shí)候很積極，設計工程施工時(shí)也很重視，但工程建成之后，輕視管理，造成專(zhuān)項運行維護和管理人員資金不到賬，使得大部分工程無(wú)法達到其應有的使用壽命，甚至工程成本都無(wú)法收回，效益難以在工程中充分的發(fā)揮。

（3）管理經(jīng)營(yíng)體制落后。有很多節水工程主要依托政府興建投資，建成以后政府參與管理。政府投入本應該是好事，但是參加、包辦管理，讓工程管理陷入計劃經(jīng)濟舊模式，導致僵化的管理、貪污腐敗滋生。

（4）產(chǎn)業(yè)結構不及時(shí)調整。微灌和噴灌等節水工程具有灌水工效高和灌水質(zhì)量好的，因而需種植較高經(jīng)濟價(jià)值的作物。但是部分工程建成以后，沒(méi)有及時(shí)調整作物種植種類(lèi)，難以發(fā)揮本來(lái)的經(jīng)濟效益。

（5）缺乏理論研究。西方發(fā)達國家和中國相比，國情特殊，因而不能照抄照搬他國的管理運行模式。我國各地方經(jīng)濟發(fā)展水平、作物種類(lèi)和水資源狀況不盡相同，灌溉節水工程管理不會(huì )有通用的標準。因而需考慮各地方灌溉管理的共性的地方，以及依據不同情形選擇不同的權變準則。比如，不論在哪個(gè)地區，微灌或滴灌工程都規定土地采取適當規模運行模式，不管采取節水公司或節水合作社模式，都應該依據準則來(lái)選擇。當前對于節水工程管理的理論研究還很匱乏，節水工程在操作程序和管理模式選取上還有著(zhù)一定的盲目性。

（6）管理模式不規范。近年來(lái)，節水灌溉管理模式種類(lèi)很多，細細考究，會(huì )發(fā)現這些管理模式在應用上缺乏一定的規范，比如，有些灌溉節水項目政企不分，產(chǎn)權不明確，卻自動(dòng)劃入公司化的管理；有些灌溉節水公司制定了相當規范的章程，但是實(shí)際營(yíng)運操作中，并沒(méi)有按運行規則進(jìn)行管理，沒(méi)有按要求進(jìn)行提取大修和折舊費，這樣的話(huà)，經(jīng)過(guò)若干年的經(jīng)營(yíng)，一定會(huì )難以維持下去。