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在水利工程項目的管理環(huán)節，因為薪酬不能落實(shí)，在利益的作用下，很多單位的內部管理毫無(wú)章法，沒(méi)有將職責落實(shí)到人頭，因為對申報項目顧及的不夠全面等因素，所以造成很多建設項目在開(kāi)展時(shí)費用不夠。而水利工程項目管理系統的監察力度也普遍偏低，再遇到一些問(wèn)題時(shí)主要體現為不能及時(shí)、有效的處理問(wèn)題，從而造成較為嚴重的后果。雖然一些單位構建了管理系統，不過(guò)實(shí)際效果較小。

同時(shí)又因水利工程的規劃與監理工作是通過(guò)縣級以上的系統予以管理的，而這樣的系統平時(shí)事物繁雜，所以不能有效的管理基層水利工作，這就造成基層水利人員在心理上出現惰性，這也是導致水利工程技術(shù)進(jìn)展緩慢的一個(gè)因素，還有就是基層水利系統管理面小，且級別不高，直接針對農村，所以不只是進(jìn)行行政管理，其主要的工作內容還包括了技術(shù)服務(wù)、監理、施工以及監督等，而基層水利系統相應的經(jīng)驗是較為匱乏的。

一般來(lái)說(shuō)水利工程項目質(zhì)量的監測以及監督，是水利工程項目建設過(guò)程十分重要的一個(gè)步驟，監測的情況，從根本影響著(zhù)水利程項目建設的質(zhì)量。不過(guò)就當下的情況來(lái)分析，監測部門(mén)相關(guān)人員的技術(shù)知識普遍偏低，檢測工作者專(zhuān)業(yè)能力亟待加強，這也是水利工程項目的一個(gè)主要問(wèn)題。同時(shí)有一些水利行業(yè)的監測活動(dòng)都是通過(guò)其他的監測行業(yè)去實(shí)施的，一般不能根據水利行業(yè)的硬性指標以及規范去實(shí)施監測。而且我國對于水利工程項目的投入不多，且對監測沒(méi)有予以必要的重視，因此造成監測設施落后。