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水庫蓄水會(huì )造成物種的變遷，其天然溪流季節周期性特征減弱，甚至變道或改變水流方向。導致水庫周邊的水文地質(zhì)環(huán)境情況產(chǎn)生較大的變化，受到最大影響的主要是生物多樣性、景觀(guān)、水質(zhì)、土壤以及其他一些兇素。

1、水庫建成蓄水導致的生境變遷

從生態(tài)學(xué)角度講，溪流的流速、流量、水溫、水深、水質(zhì)和水文周期等都是重要的生態(tài)因子1。在山谷溪流中進(jìn)行小水電開(kāi)發(fā)，會(huì )在很大程度上改變溪流廊道的徑流特征，對溪流中物質(zhì)能力的輸送產(chǎn)生影響，同時(shí)還會(huì )對水質(zhì)水文生態(tài)等造成破壞，破壞了河道中生物的數量和物種的分布，及物種的多樣性和食物鏈同。由于溪流徑流特征產(chǎn)生了變化，例如流量變化、水深水溫變化等，同時(shí)也會(huì )對天然山谷溪流造成影響，壩前垂向水文呈現出非常明顯的分層現象，水溫的分層讓水庫下層水體溫度持續的維持在低溫狀態(tài)下，從而造成山谷溪流水溫改變，對四周的水生動(dòng)植物以及兩岸植被都會(huì )帶來(lái)負面影響。

對于可能造成的這些問(wèn)題，農村小水電站水庫建設蓄水的解決措施主要有：對于會(huì )受到明顯影響的一些動(dòng)植物，應該結合其生存的自然環(huán)境以及分布情況，選擇進(jìn)行遷地保護；對于部分具備洞游特征的某些珍惜瀕危以及特有水生動(dòng)植物，在進(jìn)行施工建設的過(guò)程中必須要根據相關(guān)法律法規建設好洄游通道、增殖放流或者異地建設保護、模擬創(chuàng )造人環(huán)境等手段來(lái)開(kāi)展保護措施。在保證這些對策有效的前提下，施工單位才能正式進(jìn)行施工，對部分路徑開(kāi)發(fā)的自然保護、景區或者森林公園會(huì )產(chǎn)生影響的施工段應該實(shí)施必要的預防治理、政策補償措施。

2、水電站壩上下流域環(huán)境特征的影響

當小水電站筑壩完成之后，其上游的水位有了很大的增加，而流速逐漸的變小，因此常常讓過(guò)去庫區山谷溪流段的天然流動(dòng)水自?xún)裟芰档?，水庫蓄水初期常常?huì )造成庫區和壩下下游水質(zhì)的惡化。如果不能及時(shí)的對下游生態(tài)環(huán)境流量安排下泄，還會(huì )導致長(cháng)期性的河段脫水問(wèn)題。大面積的脫水斷流常常會(huì )讓河道水文泥沙的情況發(fā)生改變，從而對區域內的農業(yè)生產(chǎn)以及生活用水安全產(chǎn)生一定的影響。

對于農村小水電站的開(kāi)發(fā)與生態(tài)環(huán)境的處理應該盡可能的讓周邊農民得到實(shí)惠，對于庫區內淹沒(méi)的農作物和植物要對農民進(jìn)行補償，根據淹沒(méi)面積進(jìn)行作物仙價(jià)，對水域面積進(jìn)行合理的分配，同時(shí)可以扶植農戶(hù)發(fā)展相關(guān)的養殖業(yè)，或者直接根據水庫淹沒(méi)林地補償標準進(jìn)行折算，按照每畝2800元左右進(jìn)行計算。農村小水電不僅要能夠正常的發(fā)電，同時(shí)還必須保障溪流段的生態(tài)用水。要逐步建立溪流段生態(tài)用水的法律保障機制，全面防止侵占生態(tài)用水的行為，制定溪流生態(tài)流量規劃，確立溪流最小生態(tài)用水指標。此外，小水電站大壩建成之后往往會(huì )對溪流上游魚(yú)類(lèi)產(chǎn)卵帶來(lái)一定的阻隔作用，從而造成魚(yú)類(lèi)種群多樣性的損害，我們可以選擇封區段、封溪段這樣的階梯式保護措施，逐漸的進(jìn)行生態(tài)修復。