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1、農田水利工程配套設施比較陳舊，農田水利工程監管機制不完善。農田水利工程是農村水利工程的重要組成部分。農田水利工程建設的好壞直接影響著(zhù)農村經(jīng)濟的發(fā)展和人們生活水平的提高，甚至影響社會(huì )的穩定。由于我國的特殊國情地少人多，水資源分布不均勻，再加上農村地區經(jīng)濟相對落后，人民收入水平比較低，導致現在的農田水利設施落后于農村經(jīng)濟的發(fā)展。在我國的現階段，農村的農田水利設施遠遠落后于世界先進(jìn)的國家，由于國家財政的投入較少，單單靠地方財政很難做到建設先進(jìn)的農田水利設施；

2、興建的農村水利工程科學(xué)技術(shù)落后，應用先進(jìn)技術(shù)較少?？萍际巧鐣?huì )發(fā)展的重要條件，在建設農村水利工程的過(guò)程中一定要應用先進(jìn)的科學(xué)技術(shù)，但是在我國的大部分地區，新建的水利工程大多是沿用過(guò)去的水利設施來(lái)興建的。其工程設施不僅浪費水資源，而且也造成成本增加；

3、法律法規不完善，相關(guān)管理部門(mén)體制不健全。雖然我國的相關(guān)法律法針對性地頒布了一些保護農田水利設施的條例，但是并沒(méi)有規定一些具體的保護與維護措施及水利設施產(chǎn)權問(wèn)題。因此，在具體的實(shí)踐中，由于缺乏對破壞農田水利設施的人實(shí)行強制執行，從而讓破壞農田水利設施的人受不到處罰。同時(shí)我國水資源統一管理事務(wù)的部門(mén)相關(guān)制度體系也不健全，存在管理技術(shù)力量薄弱，基層沒(méi)有執法權，管理沒(méi)有效率等問(wèn)題；

4、在施工過(guò)程中存在的種種問(wèn)題。水利工程施工質(zhì)量直接關(guān)系到水利設施的壽命以及工程的效益。目前，水利工程施工管理水平有了很大進(jìn)步，但仍存在施工隊伍的質(zhì)量參差不齊，質(zhì)量監督制度不完善、建設單位管理體系不健全、施工管理中的不完善等問(wèn)題，影響工程建設質(zhì)量。因此，必須采取切實(shí)有效的措施，提高施工管理水平，提高工程建設質(zhì)量。