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在管理過(guò)程中存在的問(wèn)題可以分為以下幾個(gè)方面：

1）資金不足，管理難度較大。農田水利工程在建設過(guò)程中，其投入的資金大致分為兩個(gè)部分，一部分是來(lái)自國家補貼，另一部分則是有群眾以及鄉鎮等籌集而來(lái)，絕大多數都無(wú)法以現金的形式出現，并且在建設過(guò)程中，會(huì )計人員會(huì )根據材料和工人的薪資與投入的資金相互抵銷(xiāo)，這就導致水利工程因資金不足而無(wú)法全面的管理，水利工程也就無(wú)法提高其經(jīng)濟效益。

2）小型水利工程不如大型水利工程建設那般，可以很快見(jiàn)到社會(huì )經(jīng)濟效益與收益，因此在小型水利工程進(jìn)行招投標及竣工的過(guò)程中存在著(zhù)較大的難度。農田水利工程的建設資金是由國家補貼以及政府與群眾籌集而獲得的，在工程建設過(guò)程中，除開(kāi)國家能夠保證資金到位之外，地方政府與群眾所籌集的資金一般很難到位，再加上其資金一般都是當工程建設完畢之后采取抵銷(xiāo)的方式進(jìn)行資金的投入，這就加大了工程在建設過(guò)程中的資金流通。此時(shí)往往因為資金的缺乏而無(wú)法購買(mǎi)較好的材料與設備，無(wú)法保證水利工程的施工質(zhì)量，不利于后期技術(shù)人員的管理。

3）農田水利工程的施工階段降低了政府部門(mén)對其建設的監管力度。在農田水利工程建設過(guò)程中，我國水利部門(mén)的主要工作也就是采用當前現行的相關(guān)法律制度以及相關(guān)建設標準來(lái)對其進(jìn)行全面監管，保證水利工程的施工質(zhì)量，加強水利工程的監管工作。但是目前，很多水利部門(mén)直接參與到水利工程的建設當中，而沒(méi)有充分發(fā)揮其監管作用，最終無(wú)法有效的提高工程的施工質(zhì)量，降低了其使用價(jià)值。