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1．農田水利設施投入不足。雖然近年國家水利投資不斷增加，但建設資金缺口仍然很大。由于農田水利工程具有跨區域特點(diǎn)，地方財政困難，以往地方配套資金并未完全落實(shí)，造成農田水利建設投入不足。目前鎮村一級經(jīng)濟薄弱，資金匱乏，與農業(yè)生產(chǎn)最為密切的灌溉渠道的硬化建設無(wú)力投入，而政府的投入也較少，由此造成農田水利基礎建設滯后，農民群眾最密切關(guān)注的焦點(diǎn)就是這一問(wèn)題，也是基層干部最操心、最難搞的“心病”。

2．設計存在缺陷。在水利工程設計中，設計單位在整個(gè)設計階段中施工方案基本無(wú)比較，只要方案可行即可，技術(shù)經(jīng)濟觀(guān)念不強。招標設計階段的深度與可研階段差不多，無(wú)設計優(yōu)化。在進(jìn)入施工詳圖設計階段后，由于業(yè)主的干預，設計單位才對設計方案進(jìn)行較細致地比較，導致進(jìn)入施工詳圖設計階段后設計修改很多。

3．施工質(zhì)量無(wú)法控制。水利工程施工質(zhì)量直接關(guān)系到水利設施的壽命以及工程的效益。目前，水利工程施工管理水平有了很大進(jìn)步，但仍存在施工隊伍的質(zhì)量參差不齊、質(zhì)量監督制度不完善、建設單位管理體系不健全、施工管理中的不正之風(fēng)等問(wèn)題，影響工程建設質(zhì)量。必須采取切實(shí)有效的措施，提高施工管理水平，提高工程建設質(zhì)量。

4．工程沒(méi)有管護和維修基金。由于項目工程分布范圍廣，易受自然災害等方面因素的影響，易發(fā)生損壞（毀）。沒(méi)有設立專(zhuān)項管護費，致使工程管護常常無(wú)人問(wèn)津；當出現自然災害或人為因素造成損壞（毀）時(shí)，由于無(wú)錢(qián)維修形成廢棄工程，造成了很大浪費。