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1、運行維護管理意識普遍缺失

目前，小型農田水利工程建設基本上都是由國家政府補助形式所建立起來(lái)的。在工程項目建設過(guò)程，水利工程的立項、圖紙設計的科學(xué)性和施工質(zhì)量都得到了很好的控制。但當項目建設完成后，政府部門(mén)對水利工程項目的監督力度卻逐漸減小，這使得水利工程的后期維護管理工作很難得到有效保證。很多維護管理人員都不同程度存在著(zhù)維護管理水平偏低、維護管理意識缺失的問(wèn)題，以致于很多小型農田水利工程項目的功能性逐漸降低，最終不得不停用或棄用。

2、運行維護管理體制不夠完善

目前，負責小型農田水利工程建設的部門(mén)是鄉（鎮）級別的水利站，水利站作為農田水利事業(yè)的基層組織，其不僅承擔著(zhù)水利調控的職能，更承擔著(zhù)水利農田管理服務(wù)的任務(wù)。近年來(lái)，隨著(zhù)用水需求的增大，小型農田水利工程建筑逐漸增多，這使得鄉（鎮）水利站原本就不多的工作人員，更是忙得不可開(kāi)交。對于一些無(wú)法實(shí)現維護管理的小型農田水利工程，鄉（鎮）水利站只能委托村委會(huì )進(jìn)行代管。雖然村委會(huì )的管理人員雖然很想做好對水利工程的維護，但維護管理技術(shù)的缺失，使得他們很難真正的發(fā)揮出農田水利工程管理者的作用，甚至有時(shí)候的工作會(huì )適得其反，使水利工程出現進(jìn)一步的損壞，這為農田水利工程維護管理工作帶來(lái)了非常不利的影響。

3、運行維護管理經(jīng)費缺乏保障

在小型農田水利工程建設過(guò)程中，雖然國家政府部門(mén)會(huì )進(jìn)行很大程度上的補助，但補助額度最高能夠達到70％左右，也就是說(shuō)仍有30％的資金是需要民眾籌集而來(lái)。然而畢竟民眾的資金籌措力度有限，這就使得水利工程項目建筑很容易出現配套資金缺口。在這種情況下，水利工程項即使得到了有效建設，其配套的運行維護管理資金也必然會(huì )存在不足，這就使得很多維護措施無(wú)法實(shí)施，進(jìn)而導致小型農田水利工程出現運行維護管理問(wèn)題。