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從生物群落內部看，整體性是生態(tài)系統結構的重要特征。一旦形成系統，生態(tài)系統的各要素不可分割而孤立存在。如果硬性分開(kāi)，那么分解的要素就不具備整體性的特點(diǎn)和功能。在一個(gè)淡水水域中，各類(lèi)生物互為依存，互相制約，互相作用，形成了食物鏈結構。研究表明，一個(gè)生態(tài)系統的生物群落多樣性越豐富即食物鏈越復雜，其結構形成三維的網(wǎng)狀結構，稱(chēng)為食物網(wǎng)，那么，這種復雜的食物網(wǎng)組成的生態(tài)系統比簡(jiǎn)單的直線(xiàn)型食物鏈的穩定性要高得多，其抵抗外界干擾的承載力也高得多。如果食物鏈（網(wǎng)）的某些重要環(huán)節缺省，即在生態(tài)學(xué)中稱(chēng)為“關(guān)鍵種”的缺省，對一個(gè)生態(tài)系統將產(chǎn)生重大影響。另外，從生物群落多樣性角度看，一個(gè)健康的淡水生態(tài)系統，不但生物物種的種類(lèi)多，而且數量比較均衡，沒(méi)有哪一種物種占有優(yōu)勢，各物種間既能互為依存，也能互相制衡，使生態(tài)系統達到某種平衡態(tài)即穩態(tài)，這樣的生態(tài)系統功能肯定是完善的。反之，如果一個(gè)淡水生態(tài)系統的生物群落內比例失調，會(huì )造成整個(gè)系統惡化。比如人們向江河湖庫傾倒營(yíng)養物質(zhì)及有機質(zhì)，水中氮、磷等物質(zhì)增加，就會(huì )導致藍藻加快繁殖，水中生物群落比例失調，造成水體富營(yíng)養化和生態(tài)系統失衡。