對于經(jīng)營(yíng)性的小型農田水利設施建設，在項目建成投入使用后會(huì )使較多的農戶(hù)受益，特別是對于一些遠距離輸送水工程，可能要跨越不同的鄉鎮和村莊，由于各地的情況不一管理的難度增大，這就需要相關(guān)的管理部門(mén)根據水系與溝渠的分布特征，建立起合理的水利資源管理組織，對小型農田水利設施和資源進(jìn)行專(zhuān)門(mén)管理，在具體實(shí)施時(shí)，可以打破行政區劃的限制，由上級主管部門(mén)進(jìn)行統一規劃，建立適用小型農田水利建設及管理的管理組織，這種管理模式能夠有效防止鄉村以各種手段侵占小型農田水利建設及運營(yíng)管理經(jīng)費。要將水利設施的建設者、所用者以及收益者之間建立起密切的聯(lián)系，使之成為一個(gè)密不可分的利益共同體，以相互合作的方式保證小型農田水利建設及管理的各個(gè)成員的利益得以實(shí)現，同時(shí)各方也要明確自身的責任與義務(wù)，嚴格執行各項規章制度。

　　對專(zhuān)門(mén)從事小型農田水利建設及管理工作的組織，要依法進(jìn)行登記注冊，取得相關(guān)證書(shū)后才能進(jìn)行執業(yè)。在組織內部要建立起管理規章制度，積極進(jìn)行專(zhuān)業(yè)人才的引進(jìn)和選拔，落實(shí)各項建設管理任務(wù)，保證水利設施的正常使用。